Virüs kaynaklı bir kıyametin ardından GHQ'nun eline geçen Japonya bağımsızlığını yitirmiştir. Tuhaf bir güç kazanan lise öğrencisi Shu ise direnişin içine çekilir.
Dördüncü kıyamet, Dünya'da yaşayanları evrim ve seleksiyon ile karşı karşıya bırakmak üzeredir. İkili, aralarındaki eski düşmanlığı bitirmek zorundadır.